Ministerstvo zdravotnictví
17. Ve stanovisku ze dne 29. 3. 2007 Ministerstvo zdravotnictví (dále též jen "ministerstvo") reprezentované ministrem MUDr. Tomášem Julínkem, "jakkoli uznává" specifickou povahu samosprávných veřejnoprávních korporací a jejich odlišnost jak od spolků v pravém slova smyslu (dobrovolných sdružení), tak od sdružení, jež mají hájit výhradně socioekonomické zájmy svých členů, jakožto plně dostačující podmínku k "ne-aplikaci čl. 20 a 27 LZPS v jejich plné šíři" tyto okolnosti nevnímá. Podle ministerstva je navíc nutné při posuzováni ústavní konformity napadané právní úpravy vycházet nejen z čl. 20 a 27, nýbrž i z čl. 26 Listiny ve spojení s jejím čl. 4 odst. 4, a zkoumat, zda zákonem uložené povinné členství v profesní komoře nenarušuje samotnou podstatu práva na svobodnou volbu povolání.
18. Ministerstvo rekapitulovalo tři komponenty testu proporcionality, a to kritéria vhodnosti, potřebnosti a poměřování v kolizi stojících hodnot podle jejich "závažnosti".
19. Je názoru, že kritérium vhodnosti "je naplněno přinejlepším jen částečně", jelikož nepochybně legitimní veřejný zájem lze "výrazně vhodněji" zajistit metodou přímého výkonu státní správy, aniž by docházelo ke střetu zájmů členů, jež mají tyto veřejnoprávní korporace hájit, se zájmy společnosti. Samosprávná korporace s povinným členstvím podle ministerstva "zcela zřetelně tíhne k jisté formě kartelizace, která v porovnání s poskytováním služeb zdravotním průmyslem za standardních, byť regulovaných podmínek, vede k nižší efektivitě nakládání s finančními zdroji stejně jako ke zhoršení kvality zdravotní péče". Ministerstvo též vyzdvihlo, že "šíře nezávislosti ČLK" nemá "v evropském srovnání u komor nadaných výkonem moci veřejné obdobu".
20. Z hlediska potřebnosti princip povinného členství v České lékařské komoře podle ministerstva neobstojí "jednoznačně", jelikož sledovaného cíle je možné opět dosáhnout (kupříkladu) "přímým výkonem státní správy". I zde sice půjde o omezení práva na svobodnou volbu zaměstnání, neboť "každý lékař bude muset počítat s tím, že na jeho činnost bude určitá instituce dohlížet", avšak tento systém, míní ministerstvo, se vyznačuje větší "implicitní" nezávislostí státního orgánu vykonávajícího přímý výkon státní správy v porovnání s Českou lékařskou komorou, jejíž volení funkcionáři jsou zjevně svými voliči motivováni hájit spíše jejich zájmy než zájmy jejich potenciálních konkurentů (uchazečů o členství), případně zájem veřejný, například "na důkladném vyšetření konkrétních selhání jednotlivých členů komory".
21. Ohledně kritéria "závažnosti" sice podle ministerstva platí, že vzhledem k nezpochybnitelnému veřejnému zájmu, který zde působí, "žádné opatření či uložená povinnost, která může vést k zajištění maximální kvality péče o lidské zdraví, nemůže být považována za nepřípustnou s poukazem na zásah do určitého ústavně zaručeného práva", tím však není dotčen argument o větší efektivitě i nestrannosti dozoru nad výkonem lékařského povolání státním orgánem ve srovnání se "zcela nezávislou samosprávnou korporací". Na druhé straně ministerstvo uznává, že podmínky, s nimiž je spojen vznik a existence členství (§ 4 a § 9 odst. 2 zákona č. 220/1991 Sb.), však nepředstavují nepřiměřenou zátěž, a je legitimní i povinnost platit "komoře" příspěvky, samozřejmě za předpokladu "přiměřenosti jejich výše".
22. V "evropských" podmínkách se podle ministerstva uplatňují "dva zásadní modely"; první předpokládá "velmi nezávislou komoru s nepovinným členstvím a výrazně omezeným výkonem moci veřejné", druhý představuje "komora s členstvím povinným a rozsáhlými veřejně-mocenskými oprávněními, avšak do značné míry podřízená kontrole moci výkonné". Česká lékařská komora představuje podle ministerstva hybrid, který se nejen svými zákonnými oprávněními, "ale i praktickým fungováním" vymyká z role nezávislého, přesto však samosprávného subjektu vykonávajícího veřejnou moc a "jeví tendenci k zasahování do oblasti upravené čl. 27 LZPS ve snaze o požívání výhod jak korporace ex lege, tak i quasi-odborové organizace hájící ekonomické a sociální zájmy svých členů". Zkušenost ukazuje, uvádí ministerstvo, že uvedené role nejsou vždy plně slučitelné, a to zejména při konfliktu zájmu členů a zájmu veřejného, zvláště když platná úprava postrádá "pojistku" obdobnou "výrazné kontrolní pravomoci Ministerstva spravedlnosti" nad Českou advokátní komorou.