II.
Ústavní soud shledal, že podaný návrh splňuje všechny zákonné procesní náležitosti a předpoklady a nic nebrání projednání a rozhodnutí věci samé. Proto podle § 69 zákona č. 182/1993 Sb., o Ústavním soudu, ve znění pozdějších předpisů, (dále jen "zákon č. 182/1993 Sb.") vyzval účastníky řízení - Poslaneckou sněmovnu a Senát Parlamentu České republiky - aby se k tomuto návrhu vyjádřili.
Poslanecká sněmovna prostřednictvím svého předsedy ve svém vyjádření uvedla, že jak lze dovodit z čl. 9 Úmluvy, čl. 15 odst. 1 a čl. 16 Listiny, stát nemůže jakkoliv zasahovat do vnitřního přesvědčení a náboženského vyznání jednotlivce. Stát však může zákonným způsobem zasáhnout do projevu (tj. vnější formy) tohoto přesvědčení či vyznání, pokud je prováděn v předepsané formě, tj. bohoslužby, vyučování, provádění náboženských úkonů a zachovávání obřadů. Forma je vymezena taxativně, a žádná jiná, jako např. podnikání, charitativní činnost, zdravotnická činnost však nemá se svobodou přesvědčení a náboženského vyznání nic společného. V rámci nezasahování a ochrany uvedené svobody je navíc stát povinen mimo jiné chránit práva a svobody jiných. Z důvodu ochrany vlastnického práva či práv z něho odvozených u subjektu, který vstupuje do soukromoprávního vztahu, má mít takový subjekt možnost vědět, na základě čeho a jak právnická osoba vznikla, jakou má způsobilost nabývat práva a povinnosti a od kdy má tuto způsobilost, jaký je její název, kde má sídlo a kdo je oprávněn za právnickou osobu jednat. K tomu může dojít v případě právnických osob, pokud jsou zákonnou formou registrovány. Lze tedy říci, že požadavek registrace v ničem neomezuje veškerá práva spojená se svobodou přesvědčení a náboženského vyznání, neboť je třeba rozlišovat hranici mezi veřejným zájmem a sférou soukromoprávních vztahů. V této souvislosti poukazuje na rozhodnutí Evropské komise pro lidská práva ze dne 2. 4. 1990 v obdobné věci (stížnost č. 13712/88 Serbisch-Griechisch-Orientaliche Kirchengemeinde zum Heiligen Sava ve Vídni proti Rakousku).
K jednotlivým námitkám pak Poslanecká sněmovna uvedla, že nelze obecně konstatovat, že napadený zákon stanovuje přísnější úpravu než zákon předchozí, protože v řadě bodů tomu tak není. Především však měřítkem pro srovnání může být pouze ústavní pořádek, příp. mezinárodní smlouva podle čl. 10 Ústavy, a nikoliv dřívější zákon. Tvrzení o privilegovaném postavení církví či dokonce dovozování takového ústavního principu neodpovídá stavu de lege lata, přičemž je nelze prosazovat cestou orgánu soudní kontroly ústavnosti. Není rovněž vyloučeno, že by takovéto postavení církví nebylo v souladu s ústavním pořádkem, zejména s čl. 2 odst. 1 Listiny.
K námitce, že je v rozporu s čl. 16 odst. 2 Listiny, pokud zákon dává právo vybavovat církevní instituce právní subjektivitou, podle Poslanecké sněmovny jde o nepochopení vztahu českého právního řádu k právním předpisům jednotlivých církví. Toto ustanovení není recepční normou, na jejímž základě se právní řády církví stávají autonomní součástí právního řádu českého. Církevní právní řády představují pouze interní předpisy církví, které jsou z hlediska českého právního řádu pouze právními skutečnostmi, které jsou jím respektovány v rozsahu s ním samotným slučitelným. Z čl. 16 odst. 2 Listiny také vyplývá, že je zaměřen na interní aktivity církví a náboženských společností, nikoliv na aktivity zaměřené vně církví. Naopak z něho nelze dovozovat, že by stát propůjčoval církvím a jejich institucím bezprostředně postavení právnických osob. V souvislosti s tím Poslanecká sněmovna zdůraznila, že orgány státu neměly a nemají při nabývání postavení právnických osob sul generis žádnou pravomoc volného uvážení, jedná se o režim registrační a nikoliv povolovací. Zákon č. 3/2002 Sb. vykazuje účinky pouze v rámci českého právního řádu, nijak se netýká právní subjektivity církví podle církevních předpisů, včetně právního řádu katolické církve jako subjektu mezinárodního práva sul generis, či podle právních řádů cizích států. Důvodem, proč české právo stanovuje podmínky, je zaručení minima ochrany ostatních účastníků soukromoprávních majetkových vztahů. Z tohoto důvodu nemohou církve samy vybavovat své instituce právní subjektivitou v právním řádu státu, nýbrž to musí učinit pouze právní řád. I když je myslitelný jiný model právní úpravy, např. přiznání statutu veřejnoprávní korporace církvím či recepce církevních norem do českého právního řádu, je věcí zákonodárce jaký způsob úpravy zvolí.
Uvádějí-li navrhovatelé, že zákon č. 3/2002 Sb. znemožňuje církvím a církevním institucím provozovat zdravotnická zařízení a zařízení sociálních služeb, není tomu tak, neboť práva tohoto druhu zákon vůbec neupravuje. Církve a církevní instituce, které získaly postavení právnických osob, jsou považovány za korporace soukromoprávní, pro něž platí zásada "dovoleno je vše, co není zakázáno", a tak mohou uvedené činnosti realizovat za stejných podmínek, jak jsou oprávněny jiné subjekty. Kromě toho výčet činností registrovaných církví je podle § 6 odst. 3 zákona č. 3/2002 Sb. pouze demonstrativní.
Pokud jde o omezení či znemožnění podnikatelské činnosti církví a církevních institucí, ustanovení § 27 odst. 4 zákona č. 3/2002 Sb. je rovněž demonstrativní, a tak církve mohou mít i příjmy, které tam nejsou uvedeny. Ustanovení § 27 odst. 5 zákona č. 3/2002 Sb. sice stanovuje, že zisk z podnikání či jiné výdělečné činnosti může být použit k naplnění cílů činnosti církve, což však neznamená, že jej nelze použít k dalšímu podnikání, ale je třeba, aby takto získané investice byly použity k naplňování cílů činnosti církve. Ve vztahu k námitce, že zákon č. 3/2002 Sb. nepřímo - prostřednictvím § 11 a § 21 odst. 1 písm. a) a b) - zavádí státní dohled nad financováním církví, Poslanecká sněmovna uvádí, že citovaná ustanovení se týkají přiznání oprávnění k výkonu zvláštních práv, tj. k přiznání privilegovaného postavení vůči ostatním církvím a na úkor státu, čemuž odpovídají zvýšené požadavky kladené na přiznání takového statutu.
Poslanecká sněmovna dále uvádí, že čl. 18 Paktu a čl. 9 Úmluvy pojímají náboženskou svobodu jako právo individuální, a proto není důvodu namítat jejich rozpor se zákonem č. 3/2002 Sb. tam, kde tento zákon upravuje práva církví jako kolektivních entit. Kromě toho dnem účinnosti ústavního zákona č. 395/2001 Sb. má být rozpor mezinárodní smlouvy se zákonem napříště řešen pouze překážkou aplikace zákona, nikoliv právním důvodem pro jeho zrušení. Na okraj tento účastník řízení připojuje, že návrhem je napadán i zákon č. 218/1949 Sb., o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností státem, ve znění pozdějších předpisů, avšak tento zákon není navržen ke zrušení, a ani není uvedeno, v čem jeho protiústavnost spočívá. Dále pokud se poukazuje na to, že odkaz na Listinu se nachází v poznámce pod čarou zákona č. 3/2002 Sb., nemá tato poznámka normativní charakter a jejím smyslem je zpřehlednění právního řádu. Pokud jde o namítanou nepřesnost citace textu čl. 16 odst. 2 Listiny v § 4 odst. 3 zákona č. 3/2002 Sb., jedná se pouze o uvedení zjevné skutečnosti, jež vyplývá z logiky věci.
Závěrem Poslanecká sněmovna upozorňuje na to, že v případě zrušení zákona jako celku by opětovně začaly platit zrušené zákony č. 308/1991 Sb. o svobodě náboženské víry a postavení církví a náboženských společností, a č. 161/1992 Sb., o registraci církví a náboženských společností, čímž by došlo k diskontinuitě v registraci církví. V případě vyhovění některému z návrhů na zrušení dílčích ustanovení zákona č. 3/2002 Sb., by byl tento zákon deformován až na hranici použitelnosti, což by znamenalo rozpor s principem právního státu.
Senát se k návrhu skupiny senátorů vyjádřil prostřednictvím svého předsedy. Uvedl, že při projednávání zákona ve výborech, byla předmětná právní úprava kritizována zejména ze strany církví a náboženských společností. Zástupci tzv. tradičních církví zastávali názor, že dochází k omezení úrovně ochrany svobody náboženského vyznání a práva rozhodovat o svých vnitřních záležitostech ve vztahu k ustanovování a rušení svých orgánů, a že se zaváděním administrativních opatření a kontrol dostávají církve do role organizací podřízených státu. Hlavní výhrady pak směřovaly proti úpravě tzv. církevních právnických osob, pokud jde o jejich činnost v oblasti sociální a charitativní, a úpravě podnikatelské činnosti církví. Představitelé tzv. menších církví pak poukazovali na omezení možnosti získání zvláštních práv podle § 7 zákona č. 3/2002 Sb. Tyto názory byly uplatňovány i ze strany některých senátorů. Proti uvedeným námitkám bylo předkladateli zákona argumentováno, že zákonem je plně zachována výlučná působnost církví a náboženských společností a zaručena svoboda náboženského vyznání, že zákon řeší úpravu týkající se právní subjektivity církví a jimi zřizovaných subjektů formou registrace církví a náboženských společností, příp. evidence církevních právnických osob v příslušných rejstřících, v zájmu zajištění právní jistoty třetích osob a že výkon zvláštních práv, kdy církve vstupují do veřejné sféry, muže být přiznán po určité době po registraci a po splnění stanovených podmínek. Zástupci předkladatele dále poukazovali na to, že zákonná úprava se nedotýká práv a povinností, které mají nebo mohou získat církve na základě splnění podmínek podle zvláštních zákonů, podle nichž stanovené podmínky platí pro všechny právnické či fyzické osoby. Vzhledem k tomu, že při projednávání napadeného zákona v Senátu bylo shledáno, že s ním nesouhlasí řada významných subjektů, jimž je předmětná právní úprava adresována, a že dosavadní úprava je vhodnější, převážil názor, aby byl návrh zákona zamítnut.
Senát závěrem poukazuje na to, že v případě zrušení zákona Ústavním soudem by bylo nezbytné poskytnout dostatečný čas pro přijetí nové zákonné úpravy, neboť by nebylo např. patrno, které církve či náboženské společnosti jsou registrovány, přičemž z tohoto institutu vychází řada zvláštních zákonů. Obdobná situace by nastala v případě zrušení pouze některých napadených ustanovení bez ohledu na to, zda by šlo o užší či širší variantu, neboť vzhledem k úzké provázanosti jednotlivých ustanovení by se stal zákon nefunkčním a stěží aplikovatelným.
Ústavní soud si vyžádal také stanovisko Ministerstva kultury. Tento státní orgán poukázal na princip svrchovanosti a suverenity státu ve vztahu k církvím a náboženským společnostem, z něhož vyplývá, že vnitřní předpis těchto institucí nemůže konkurovat právnímu řádu státu. Demokratickým základům státu, příp. zásadě rovnosti a právního státu, by se příčila privilegia udělená některým církvím, jež nepředstavují ani většinu obyvatelstva a ostatně ani hledisko většiny neospravedlňuje udělení těchto privilegií. Ministerstvo kultury v návaznosti na to upozorňuje na zásadní rozdíl mezi ochranou individuálních práv a svobod zakotvených v čl. 15 a 16 Listiny a úpravou církví a náboženských společností na základě zákona č. 3/2002 Sb. Navíc zásahy, resp. kontrola státu nad církvemi na základě tohoto zákona je na podstatně nižší úrovni, než je tomu v jiných státech západní Evropy.
Spatřují-li navrhovatelé ohrožení svobody náboženské víry v omezení různých aktivit církevních institucí, přičemž srovnávají úpravu církví s postavením zahraničních podnikatelských subjektů, podle Ministerstva kultury zákonodárce nehledí na církve jako na podnikatelské subjekty pro rozdíl v jejich činnostech, a proto je odlišný přístup legitimní. Dále navrhovatelé vycházejí z chybného chápání pojmu právnická osoba, když ztotožňují vznik církve s jejím vznikem jako právnické osoby; přitom vycházejí z představy, že existence církve, jejího orgánu či instituce je závislá na tom, má-li postavení právnické osoby. Tomu tak není a vznik církve, její náboženská činnost a vnitřní organizace nepodléhají státní moci, jak vyplývá z § 4 zákona č. 3/2002 Sb. Oproti tomu právní subjektivita je institutem soukromého práva majetkového, jež určitému společenskému útvaru umožňuje svým jménem nabývat práv a povinností. Přiznání právní subjektivity, které je ve vztahu k církvím maximálně vstřícné, se kromě toho netýká pouze takového subjektu, ale všech účastníků soukromoprávních vztahů, jimž právní úprava musí zaručit minimum právní ochrany, např. podle čl. 11 Listiny.
Ministerstvo kultury dále upozorňuje, že v návrhu dochází ke směšování pojmu "církevní instituce" s pojmem "církevní právnická osoba". Církevní instituce je podle čl. 16 odst. 2 Listiny institucí vznikající uvnitř církve, u které zákon č. 3/2002 Sb. ani nestanovuje povinnost její evidence, jak vyplývá z jeho § 6 odst. 2. V uvedeném článku se však neříká nic o tom, že zřízením instituce v církvi vzniká právnická osoba podle českého právního řádu. Oproti tomu "církevní právnická osoba" je pojem zavedený zákonem č. 3/2002 Sb. pro subjekty církví, které jsou evidovány na ministerstvu, přičemž touto zvláštní evidencí stát respektuje různé organizační formy církve, a vychází vstříc církvím v tom, že kromě obvyklých právních forem podle právního řádu umožňuje navíc vytvářet další právnické osoby. Není pravdivé tvrzení, že církve nemohou za platnosti zákona č. 3/2002 Sb. zřizovat např. nemocnice či charitativní zařízení, pouze se v jejich případě podle čl. 16 odst. 2 Listiny a § 6 odst. 2 zákona č. 3/2002 Sb. nejedná o církevní instituce, resp. "církevní právnické osoby", protože u nich není dána přímá souvislost s výkonem náboženské svobody; to tím spíše platí pro případy podnikatelské činnosti. Pokud tedy jde o činnosti, které k výkonu práva na svobodu náboženského vyznání a práva svobodně projevovat svou víru neslouží, musí se uplatnit obecný a shodný právní režim. Za zvláště nebezpečný je Ministerstvem kultury považován názor, že stát nemůže být oprávněn udělovat právní subjektivitu podle svého právního řádu církvím vzniklým v zahraničí. Je tomu tak proto, že by na území České republiky mohla působit nebezpečná náboženská uskupení, jejichž činnost naplňuje všechny znaky § 5 zákona č. 3/2002 Sb., a stát by proti nim nemohl zasáhnout, a tak přijetí tohoto názoru ohrožuje suverenitu státu a může vést k narušení ústavního pořádku České republiky.
Ministerstvo kultury poukazuje také na to, že zákon č. 3/2002 Sb. v plné míře zachovává vysokou míru náboženské svobody, jež je dána Listinou, a ani sami navrhovatelé neuvádějí žádný příklad jejího skutečného omezení. Naopak liberalizuje přístup k registraci pro málo početné církve a zajišťuje ochranu práv třetích osob. Z těchto důvodů se Ministerstvo kultury domnívá, že by Ústavní soud měl návrh zamítnout.
Ústavní soud si vyžádal i stanovisko Ekumenické rady církví v České republice. Z jejího vyjádření vyplynulo, že návrh zákona sice povoluje vytváření určitých institucí, ale současně stát prostřednictvím § 6 odst. 2 a 3, § 27 odst. 4 a 5 a § 26 odst. 1 a 2 zákona č. 3/2002 Sb. může určovat, co církevní instituce jsou a co mohou a nemohou dělat, v rámci dohledu může stanovit, k čemu mohou církve použít svůj zisk a dokonce může církve a její instituce z podnětu ministerstva rušit. Současně církve omezuje v tom, že mohou evidovat jako právnickou osobu jen instituci založenou za účelem organizace, vyznávání a šíření náboženské víry, čímž vylučuje ta působení církví, která od počátků tvoří jejich neoddělitelnou náplň, která je určena i nečlenům církve. V důsledku toho je nejasné právní postavení např. Diakonie evangelických církví nebo katolické Charity, na základě čehož může být ohrožena služba potřebným spoluobčanům. Kromě toho český právní řád nenabízí jiné vhodné právní formy umožňující nedělitelnou duchovní a materiální službu, neboť pokud by se tyto instituce staly občanským sdružením nebo obecně prospěšnou společností, zákonodárství neumožňuje církvím jejich zřízení. Zákon č. 3/2002 Sb. zasahuje do vnitrocírkevní struktury, podle níž byly církve dosud státem uznávány, jak je tomu např. u Českobratrské církve evangelické, kdy v podstatě dochází k rušení součásti církve konstituované svým vnitřním předpisem. Dále se ve vyjádření poukazuje na to, že ručení církve jako celku za závazky církevní právnické osoby představuje nový prvek kolektivní odpovědnosti a tento stav pak přináší problémy tam, kde základní jednotkou jsou náboženské obce, které se sdružily za účelem vzájemné spolupráce, jak je tomu u Bratrské jednoty baptistů. Tím je vyloučena možnost organizovat se podle vlastních vnitřních předpisů. Za zásah do vnitrocírkevní struktury je třeba považovat i povinnost zapisovat údaje a jejich změny členů statutárních orgánů, což představuje zvýšení administrativy, protože za každý z několika set farních sborů může být až 24 osob, u nichž se vyžaduje oznamování, a tyto osoby se navíc často mění. V důsledku toho stát nutí měnit vnitřní předpisy církví, podle kterých dosud zákonně pracovaly.
Zákon č. 3/2002 Sb. rovněž oproti předchozí úpravě podle názoru Ekumenické rady církví v České republice snižuje na základě svého § 2 odst. 1 standard ochrany věřících, neposkytuje možnost svazům církví navrhnout k evidenci církevní právnickou osobu a neumožňuje existenci svazů církevních právnických osob na místní úrovni, čímž se omezuje ekumenická spolupráce. Dochází také k znevýhodnění církví oproti jiným subjektům v důsledku omezení podnikatelské činnosti, neboť zisk nesmí být použit na investování do výdělečné činnosti. Ekumenická rada církví v České republice poukazuje i na to, že při výkonu zvláštních práv je podmínkou zveřejňování výročních zpráv, jejichž obsah však není stanoven. Také sankce podle zákona č. 3/2002 Sb. nemají obdobu u jiných subjektů, zavádí se kontrola nad církvemi, kdy stát na základě svých administrativních opatření může způsobit zánik církevní právnické osoby v případě jejího společensky nebezpečného působení namísto toho, aby to bylo řešeno trestním právem. Nedostatečně je vyřešena oblast pracovněprávních vztahů s ohledem na problematickou vazbu na zákon č. 218/1949 Sb., kuriózní je také úprava, kdy ministr může přiznat oprávnění ke zvláštním právům podle § 7 zákona č. 3/2002 Sb. mimo podmínky uvedené v § 11 odst. 4, tj. mimo ustanovení zákona č. 3/2002 Sb. Vzhledem k těmto důvodům Ekumenická rada církví v České republice návrh skupiny senátorů podporuje.
Ústavní soud si vyžádal i stanovisko České biskupské konference, která vyjádřila názor, že napadená právní úprava je oproti předchozí krokem zpět a vede k omezení základních práv a svobod. Podle jejího názoru neexistuje důvod stavět církve pod rozsáhlejší státní dohled a kontrolu a omezovat jejich působnost při řešení vnitřních věcí. Zákon č. 3/2002 Sb. dokonce brání církvi působit - pod právní formou církevních osob - v oblasti sociální, charitativní a zdravotnické. Přitom tyto služby byly vždy nedílnou součástí života církve, kdy řada dobrovolných pracovníků a finančních dárců tyto aktivity podporuje právě proto, že to jsou aktivity církevní a nikoliv spolkové či jiné. Odnětí statutu církevních právnických osob charitám povede k opadnutí zájmu spolupracovat s nimi a podporovat je, a to i proto, že církve nad nimi ztratí kontrolu, budou-li muset místo nich vzniknout nové obecně prospěšné společnosti nebo občanská sdružení. Tento krok navíc charitám jednak odčerpá finanční prostředky, které by mohly být použity na sociální činnost, jednak sníží jejich prestiž v České republice i v zahraničí. Česká biskupská konference namítá také, že stát při registraci římskokatolické církve akceptoval její základní dokument i Kodex kanonického práva jako její vnitřní normu, která předpokládá zakládání charitativních a jiných organizací. Nový zákon se dostal do přímého rozporu s touto vnitřní normou, jakož i s předchozími správními akty Ministerstva kultury.
Zákon č. 3/2002 Sb. dále umožňuje státní správě udílet a odnímat právní subjektivitu církevním právnických osobám, což lze pokládat za zbytečnou a neodůvodněnou snahu státu o nadměrnou regulaci složek občanské společnosti. K otázce postavení kanonického práva v našem právním řádu Česká biskupská konference uvedla, že církev pouze požaduje, aby příslušný státní orgán respektoval vnitřní předpisy církve, a má-li proti některému ustanovení těchto vnitřních předpisů námitky, pak je má vtělit do připravované mezistátní smlouvy mezi Českou republikou a Svatým stolcem. Ve vyjádření se také poukazuje na to, že legislativu západoevropských států nelze přímo přirovnávat k novému zákonu, neboť se jedná o právní úpravy starší, a církve měly možnost se požadavkům státu přizpůsobit bez negativních dopadů na jejich činnost.
Česká biskupská konference také uvádí, že stát na základě zákona č. 3/2002 Sb. může větší měrou zasahovat do života církve. Jedná se především o povinnost vydávat výroční zprávu při výkonu zvláštních práv, o zavedení dohlížecí a trestající role státu při porušení závazků církví vůči státu a třetím osobám, kdy stát může postihovat celou církev za chyby, kterých se dopustí některá z církevních právnických osob, o odnímání zvláštních práv, zavedení celocírkevního ručení za závazky církevních právnických osob, což by v kombinaci se sankcemi podle zákona o památkové péči mohlo vést ke konkursu mnoha farností neschopných financovat opravy svých kostelů, a v konečném důsledku k útlaku celé církve ekonomickými sankcemi. Zvyšuje se rovněž administrativní náročnost např. při zapisování údajů a změn statutárních orgánů. Dále napadený zákon omezuje církve při disponování se ziskem, jenž nesmí být použit na investování do výdělečné činnosti, což vede k ekonomické diskriminaci a umožňuje státnímu orgánu kontrolu hospodaření církve. Vyjádření zmiňuje i problematické formulování některých projevů náboženské svobody ve smyslu § 2 odst. 3 zákona č. 3/2002 Sb., diskriminační oprávnění vlády udělovat podle § 27 odst. 8 zákona č. 3/2002 Sb. světovým náboženstvím výjimku ze zákona a problém právní subjektivity církevních škol. Vzhledem k uvedeným skutečnostem Česká biskupská konference je přesvědčena, že daná situace vyžaduje ochranu ze strany Ústavního soudu.
K vyjádření České biskupské konference bylo připojeno vyjádření Sdružení Česká katolická charita, které je účelovým zařízením římskokatolické církve a právnickou osobou podle Kodexu kanonického práva a zákona č. 308/1991 Sb. Toto zařízení poskytuje charitativní, humanitární, zdravotní, vzdělávací a sociální služby ve značném rozsahu, a o uznání jeho významu ze strany státních orgánů svědčí i skutečnost, že na jeho činnost státní orgány přispívají vysokými dotacemi. Ve vyjádření se poukazuje na to, že zákon č. 3/2002 Sb. vyžaduje po samostatných církevních právnických osobách, které nejsou zřízeny za účelem uspokojování náboženských potřeb věřících a evangelizace, aby se znovu zaregistrovaly jako občanská sdružení nebo obecně prospěšné společnosti, čímž narušuje jejich úzké spojení s církvemi. Nutnost takového spojení je pak ve vyjádření demonstrována na jednotlivých případech. Podle názoru Charity toto zařízení opírá svou činnost o duchovní spojení s církví vyjádřené zejména v organizační struktuře, která umožňuje tuto specifickou funkci realizovat. Zárukou toho, že bude zachován duchovní rozměr, je nejen vliv církve na jmenování statutárních orgánů, příp. prezidenta Charity, ale i samotné zasazení organizačních složek do celkové organizační struktury, jež umožňuje jak jejich spolupráci na projektech celostátního rozměru, tak nezávislý postup jednotlivých Charit podle místních potřeb. Tato organizační struktura může být zákonem č. 3/2002 Sb. narušena a změna právní formy přinese administrativní a finanční zátěž.