VI.
V souvislosti s odvoláním předsedy Nejvyššího soudu dle ustanovení § 106 odst. 1 zákona o soudech a soudcích hodnotil Ústavní soud nejprve možnou aplikovatelnost tohoto ustanovení.
Předseda Nejvyššího soudu je jmenován prezidentem republiky na základě čl. 62 písm. f) Ústavy, tedy na základě jeho autonomní pravomoci nezávislé na kontrasignaci vlády. V tomto oddělení jmenování předsedy vrcholného orgánu soudní soustavy od politicky profilované vlády je nutno spatřovat prvek oddělení (a tím i nezávislosti) moci soudní. Nutno však podotknout, že v jiných systémech dochází k absolutní separaci moci soudní a výkonné, kdy žádný orgán moci výkonné předsedu nejvyššího soudu nejmenuje a moc výkonná plní především roli konzultativní, případně navrhuje kandidáty.
Ústava, jak plyne z předchozího, zajišťuje personální nezávislost předsedy Nejvyššího soudu na vládě při jmenování; tím však není dotčena nutnost zachování takové personální nezávislosti i v průběhu výkonu funkce a jejího zániku, zvláště pak při zániku odvoláním. Je-li prezidentu republiky svěřena pravomoc jmenovat předsedu Nejvyššího soudu bez jakéhokoliv omezení a bez součinnosti s jakýmkoliv jiným mocenským orgánem, nelze dovodit při mlčení Ústavy ničím neomezenou pravomoc k odvolání předsedy Nejvyššího soudu. Za situace, kdy pravomoc k odvolání předsedy Nejvyššího soudu není Ústavou výslovně zmíněna, by přijetí výkladu, podle kterého pravomoc prezidenta republiky ke jmenování implikuje mlčky také možnost jeho odvolání, bylo v rozporu s ústavně chráněnou hodnotou nezávislosti moci soudní a jejího oddělení od moci výkonné. Prezidentu republiky je tak svěřena v systému, který neodděluje soudní moc od moci výkonné absolutně, pouze pravomoc založit funkci předsedy Nejvyššího soudu, přičemž z hlediska ovlivňování jejího průběhu a zániku se s žádnou ústavní kompetencí prezidenta republiky nepočítá.
Pravidlo, podle kterého "kdo jmenuje, odvolává", je naprosto logické v případech, kdy se jedná o přímý vztah nadřízenosti či podřízenosti. Takový vztah však není mezi prezidentem republiky a předsedou Nejvyššího soudu (stojícím v čele vrcholného orgánu soudní moci dle čl. 92 Ústavy). Je tak možné uzavřít, že obdobně jako v případě Nejvyššího kontrolního úřadu a České národní banky či v případě dalšího vrcholného orgánu moci soudní - Nejvyššího správního soudu - jednal zákonodárce v intencích čl. 63 odst. 2 Ústavy i v případě Nejvyššího soudu úpravou odvolání v § 106 odst. 1 zákona o soudech a soudcích.