II.
Ústavní soud si podle ustanovení § 69 odst. 1 zákona č. 182/1993 Sb., ve znění pozdějších předpisů, (dále jen "zákon o Ústavním soudu") vyžádal vyjádření k podanému návrhu od Poslanecké sněmovny a Senátu Parlamentu České republiky jako účastníků řízení.
Předseda Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky PhDr. Lubomír Zaorálek ve svém vyjádření k návrhu uvedl, že účelem ustanovení § 3a zákona o vnitrozemské plavbě bylo umožnit plynulejší výstavbu vodní cesty v těch úsecích Labe a Vltavy, které jsou rozhodující pro podnikání v oblasti vnitrozemské plavby. Tato úprava nezasahuje do již probíhajících správních řízení, ale týká se pouze úpravy do budoucna, rovněž nezasahuje do pravomocí exekutivy, která v jednotlivých správních řízeních posuzuje věc samostatně s tím, že proces správního uvážení záleží jen na ní. Předseda Poslanecké sněmovny konstatoval, že zákon byl schválen po řádně provedeném normotvorném procesu, byl podepsán příslušnými ústavními činiteli a byl řádně vyhlášen. Za tohoto stavu věci předseda Poslanecké sněmovny vyjádřil stanovisko, že zákonodárný sbor jednal v přesvědčení, že přijatý zákon je v souladu s Ústavou, ústavním pořádkem a naším právním řádem. Je ovšem na Ústavním soudu, aby v souvislosti s podaným návrhem na zrušení ustanovení § 3a zákona o vnitrozemské plavbě posoudil ústavnost uvedeného ustanovení a vydal příslušné rozhodnutí.
Tehdejší předseda Senátu Parlamentu České republiky doc. JUDr. Petr Pithart ve svém vyjádření k návrhu uvedl, že Senát se při projednávání napadené novely neztotožnil s původně navrženým vyloučením zákazů stanovených podle zákona o ochraně přírody a krajiny, v čemž spatřoval nepřípustné zasahování moci zákonodárné do moci výkonné. Proto schválil vypuštění předmětné části návrhu, s čímž se následně ztotožnila i Poslanecká sněmovna. Ve věci napadeného ustanovení však Senát většinově neshledal takové porušení ústavních principů, které by mělo vést k jeho neschválení. Napadené ustanovení nerozhoduje o preferenci určité činnosti před druhou, tj., konkrétně nepreferuje rozvoj a modernizaci vodní cesty před ochranou zvlášť chráněného území, ale povyšuje první z nich na veřejný zájem. V příslušných správních řízeních tedy budou příslušné orgány povolány posoudit, který z těchto veřejných zájmů má prioritu a za jakých podmínek. Ve smyslu § 43 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů, výjimky ze zákazů ve zvláště chráněných územích mohou být uděleny jen v případě, pokud jiný veřejný zájem výrazně převažuje nad zájmem ochrany přírody. Je nicméně otázkou, zda označení rozvoje a modernizace konkrétně vymezené vodní cesty za veřejný zájem není v rozporu s principem dělby moci. K jejímu zodpovězení je však příslušný Ústavní soud.
Ústavní soud si dále vyžádal podle § 48 odst. 2 a § 49 odst. 1 zákona o Ústavním soudu vyjádření Ministerstva dopravy a Ministerstva životního prostředí.
Ministr dopravy Ing. Milan Šimonovský ve svém vyjádření k podanému návrhu uvedl, že veřejný zájem rozvoje a modernizace vodní cesty uvedené v napadeném ustanovení zákona vyplývá z mezinárodních závazků České republiky, konkrétně z Evropské dohody o hlavních vnitrozemských vodních cestách mezinárodního významu (AGN), oznámené pod č. 163/1999 Sb. (dále jen "AGN"). Napadené ustanovení se týká vodní cesty mezinárodního významu, jež je do AGN zahrnuta, a je zcela obecné a normativní, neboť postihuje všechny případy rozvoje a modernizace, ke kterým může dojít na všech vodních cestách České republiky zahnutých dle AGN do vodní magistrály E 20. Toto ustanovení přitom nezasahuje do individuálního rozhodování správních orgánů v oblasti ochrany přírody a krajiny, neboť orgány ochrany přírody individuálně rozhodují, kdy jiný veřejný zájem výrazně převažuje nad zájmem ochrany přírody a krajiny (§ 56 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů). Předmětné ustanovení rovněž neporušuje žádné ustanovení Bernské úmluvy ani čl. 35 Listiny, neboť se týká pouze stanovení veřejného zájmu na rozvoji a modernizaci dané vodní cesty. Z těchto důvodů ministr dopravy navrhnul, aby Ústavní soud návrh na zrušení ustanovení § 3a zákona o vnitrozemské plavbě zamítnul.
Ministr životního prostředí RNDr. Libor Ambrozek k podanému návrhu uvedl, že napadené ustanovení upravuje konkrétní věc, což je v rozporu s požadavkem na obecnost zákona. Předmětná vodní cesta leží částečně v Chráněné krajinné oblasti Labské pískovce a jedná se o budoucí území NATURA 2000, která bude vyhlášena podle kritérií směrnic Rady 92/43/EHS a 79/409/EHS. Podle názoru ministra životního prostředí nelze paušálně stanovit, že rozvoj a modernizace vodní cesty je vždy důvodem pro udělení výjimky a taková úprava je v rozporu s citovanými směrnicemi. Ve věci Bernské úmluvy vyjádřil ministr životního prostředí pochybnosti, zda tato úmluva patří mezi mezinárodní smlouvy ve smyslu čl. 10 Ústavy, neboť nebyla ratifikována Parlamentem České republiky. Přesto však byla platně sjednána a orgány České republiky jí jsou vázány. Výjimku z povinností uvedených v Bernské úmluvě lze povolit jen individuálním právním aktem, a nikoliv paušálně zákonem. Ministr životního prostředí proto vyjádřil s návrhem skupiny senátorů na zrušení napadeného ustanovení souhlas.