IV.
Znění a kontext napadeného ustanovení
16. Jak již bylo uvedeno výše, Nejvyšší správní soud se domáhá zrušení části (vět první a druhé) přechodného ustanovení § 264 odst. 4 daňového řádu, jehož celé znění je následující:
"§ 264
Přechodná ustanovení
(4) Běh a délka lhůty pro vyměření, která započala podle dosavadních právních předpisů a neskončila do dne nabytí účinnosti tohoto zákona, se ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona posuzuje podle ustanovení tohoto zákona, která upravují lhůtu pro stanovení daně; okamžik počátku běhu této lhůty určený podle dosavadních právních předpisů zůstává zachován. Účinky právních skutečností, které mají vliv na běh této lhůty a které nastaly přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se posuzují podle dosavadních právních předpisů. Právní skutečnosti nově zakládající stavění běhu lhůty pro stanovení daně podle tohoto zákona, které započaly přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, staví běh lhůty až ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona."
17. Smyslem lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, stejně jako někdejší lhůty pro vyměření daně podle § 47 zákona o správě daní a poplatků, je vymezení období, během něhož je správce daně oprávněn stanovit daňovému subjektu určitou daňovou povinnost svým rozhodnutím. K tomu, aby ke stanovení daně došlo v souladu se zákonem, musí uvedené rozhodnutí (s výjimkou případů upravených v § 148 odst. 6 a 7 daňového řádu) nabýt právní moci před uplynutím této lhůty. Tímto okamžikem totiž předmětné oprávnění zaniká. Pouze v uvedené lhůtě může zároveň dojít k uplatnění jiných instrumentů sloužících ke změně poslední známé daně, ať už ve prospěch nebo v neprospěch daňového subjektu, včetně dodatečného daňového přiznání podle § 141 daňového řádu. Jejím uplynutím by tak měly být definitivně vypořádány vztahy mezi veřejným rozpočtem a daňovým subjektem.
18. Napadené ustanovení stanoví, podle jaké právní úpravy má být ode dne 1. ledna 2011, kdy nabyl účinnosti daňový řád, posuzována neskončená lhůta pro vyměření daně, jež započala ještě za účinnosti zákona o správě daní a poplatků. Na jeho základě je třeba s právními skutečnostmi, které nastaly od uvedeného data, spojovat ve vztahu k běhu a délce této lhůty právní účinky předvídané § 148 daňového řádu, včetně jeho odstavce 2 písm. b), podle něhož se lhůta pro stanovení daně prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty pro stanovení daně došlo k oznámení rozhodnutí o stanovení daně. Není přitom podstatné, že takovéto prodloužení zákon o správě daní a poplatků neumožňoval.
19. Pro úplnost je namístě dodat, že napadené ustanovení představuje zvláštní úpravu ve vztahu k přechodnému ustanovení § 264 odst. 3 daňového řádu, podle něhož se pro posouzení běhu a délky lhůty, která započala podle dosavadních právních předpisů, postupuje ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona podle ustanovení tohoto zákona, která upravují lhůtu, jež je jí svou povahou a účelem nejbližší; tato lhůta neskončí dříve než v den, ve který by končila podle dosavadních právních předpisů. Je zřejmé, že ve vztahu k někdejší lhůtě pro vyměření daně by měla svou povahou a účelem nejblíže právě lhůta pro stanovení daně, pročež by byl v případech, na které dopadá napadené ustanovení, i na základě tohoto ustanovení aplikovatelný § 148 daňového řádu.