Obecné pokyny k vyplnění žádosti:
1. V případě žádosti o vydání integrovaného povolení se vzor žádosti vyplní v plném rozsahu, v případě žádosti o změnu integrovaného povolení provozovatel vyplní žádost v rozsahu odpovídajícím změně v provozu zařízení a řídí se případnými pokyny úřadu, kterými může úřad v souladu se zákonem stanovit, které náležitosti žádosti se nevyžadují.
2. V žádosti je třeba vždy uvádět ke všem číselným údajům jejich zdroj (evidence, informační systém, protokoly o analýzách, záznamy z měření) a způsob zjištění hodnot (změřeno, zjištěno výpočtem apod.).
3. Provozovatel zařízení vyplní žádost v rozsahu, který odpovídá charakteru povolovaného zařízení. Provozovatel již provozovaného zařízení vyplňuje požadované údaje týkající se daného zařízení za poslední uzavřené období jednoho roku. Pokud je to pro řízení o vydání integrovaného povolení důležité, a pokud jsou taková data dostupná, vyplní provozovatel zařízení v případech požadovaných ve vzoru žádosti údaje za poslední tři roky. Provozovatel zařízení, které je před zahájením výstavby a ve výstavbě, vyplňuje údaje vycházející z projektovaných hodnot, popř. předpokládané údaje.
4. Jednotlivé tabulky, které jsou součástí vzoru žádosti, je třeba přizpůsobit podle potřebného rozsahu údajů (přidat řádky; v případě, kdy je nutné předepsané tabulky vyplnit vícekrát, např. stejné tabulky pro více částí zařízení, je třeba je okopírovat v potřebném počtu), popř. v příslušné kolonce odkázat na přiložené dokumenty. Věcné požadavky jsou pro zpracovatele žádosti závazné. Šedé texty použité v některých tabulkách (například "rok") mají provozovateli zařízení napovědět, co je třeba vyplnit. Tyto šedé texty provozovatel zařízení přepíše vlastními údaji.
5. Při přípravě jednotlivých kapitol žádosti je třeba postupovat podle níže uvedených pokynů ke kapitolám žádosti. Číslování kapitol žádosti nelze měnit.
6. Údaje požadované v jednotlivých kapitolách vzoru žádosti je třeba vyplnit ve vzájemné provázanosti, tj. předkládané informace v kapitolách 5, 7 až 12, 14 a v přílohách žádosti na sebe musí navazovat a poskytovat zdůvodnění závazným podmínkám navrženým v kapitole 13. Provázanost kapitol je vhodné podpořit i vzájemnými odkazy na příslušné údaje uváděné v jiných kapitolách.
7. Pokud má provozovatel zařízení uvést údaje chráněné podle zvláštních právních předpisů (pozn. zákon vymezuje údaje za žádosti, které takto nelze označit), zahrne tyto údaje do zvláštní samostatné přílohy k žádosti, kterou označí jako přílohu obsahující chráněné údaje.