VI.
54. Při ústním jednání před Ústavním soudem, konaném dne 25. 11. 2008, vystoupili za navrhovatele (Senát České republiky) místopředseda Senátu Jiří Šneberger a senátor Luděk Sefzig. Oba v zásadě zopakovali argumentaci obsaženou již v původním návrhu, a žádné návrhy na případné doplňování dokazování v dané věci nepředložili.
55. Za Poslaneckou sněmovnu Parlamentu České republiky její předseda Miloslav Vlček v zásadě odkázal na vyjádření zaslané již dříve Ústavnímu soudu.
56. Za vládu České republiky místopředseda vlády pro evropské záležitosti Alexander Vondra v podstatě zopakoval názory obsažené v Ústavnímu soudu doručeném vyjádření a znovu zdůraznil, že vláda je přesvědčena o souladu Lisabonské smlouvy s ústavním pořádkem České republiky.
57. Prezident Václav Klaus při ústním jednání poukázal zejména i na širší kontext věci. Pokud Lisabonská smlouva vstoupí v platnost, změní se podle jeho názoru jak mezinárodní postavení, tak i vnitřní poměry našeho státu, a bude oslabena i váha České republiky při rozhodování v Evropské unii.
58. Poté prezident znovu připomněl ty ze svých otázek, již dříve v jeho vyjádření položených Ústavnímu soudu, které považuje za nejdůležitější: za prvé, zda by Česká republika - po případném vstupu Lisabonské smlouvy v platnost - zůstala svrchovaným, demokratickým a právním státem, za druhé, zda by Česká republika byla i nadále plnoprávným členem mezinárodního společenství, způsobilým samostatně a beze zbytku dodržovat závazky, které pro něj vyplývají z mezinárodního práva, a za třetí, zda by Evropská unie zůstala mezinárodní organizací nebo zda by se stala federálním státem, a zda naše Ústava dovoluje, aby se Česká republika stala dílčí součástí státu tohoto typu.
59. Dále prezident poukázal na vyjádření vlády a v něm obsaženou argumentaci opírající se o právní doktrínu tzv. materiálního jádra ústavy. Na rozdíl od vlády je prezident toho názoru, že Lisabonská smlouva je nesouladná nejen s ústavním pořádkem jako celkem, ale i se základními ústavními principy, které jsou - právě podle doktríny materiálního jádra ústavy - nedotknutelné a nezměnitelné (článek 9 Ústavy). V této souvislosti dále uvedl, že základem Ústavy (a tedy i jejího hypotetického materiálního jádra) je princip svrchovanosti státu, což prý před dvěma lety konstatoval i český Ústavní soud v kauze tzv. cukerných kvót, jestliže odmítl uznat doktrínu Evropského soudního dvora o absolutní přednosti komunitárního práva. Podle prezidenta jde zejména o to, komu mají náležet ony tzv. "kompetenční kompetence". Toto téma nepovažuje prezident za nové; Ústava musela být změněna již před vstupem do Evropské unie, ale i tehdejší tzv. euronovela musela respektovat článek 9 Ústavy. Proto umožnila na orgány Evropské unie přenést "pouze" některé konkrétní pravomoci orgánů České republiky, ale nedovolila přenést svoji svrchovanost. Bylo tím prý řečeno, že při jakémkoli přenosu pravomocí musí být přenášené pravomoci explicitně a jednoznačně vymezeny, a že nesmí existovat možnost, aby orgány EU mohly vykládat rozsah přenosu pravomocí samy, či aby dokonce mohly samy na sebe přenášet další pravomoci.
60. S principem svrchovanosti státu je podle názoru prezidenta v naprostém rozporu koncept sdílených pravomocí podle článku 4 konsolidovaného znění Smlouvy o fungování Evropské unie, dále přijímání opatření nad rámec unijních kompetencí, "je-li to nezbytné k dosažení některého z cílů stanovených Smlouvami" podle článku 352 odst. 1 konsolidovaného znění Smlouvy o fungování Evropské unie (tzv. zmocňovací doložka, doložka flexibility), a zjednodušený postup pro přijímání změn primárního práva podle čl. 48 Smlouvy o Evropské unii, tzv. passerella. Mimořádně sporná je prý i tzv. doktrína implicitních vnějších pravomocí zformulovaná Evropským soudním dvorem v roce 2006, umožňující sjednávat mezinárodní smlouvy i nad rámec kompetencí EU. Lisabonská smlouva tak podle prezidenta zahajuje proces, na jehož konci bude suverénem Evropská unie, která bude nařízeními či jinou jednostrannou formou stanovovat normy a pravidla jak jednotlivým členským státům, tak i občanům těchto států. Toto zásadní omezení svrchovanosti České republiky a dalších členských států Evropské unie není navíc v textu Lisabonské smlouvy jasně a otevřeně zformulováno a není výslovně označeno jako záměr a cíl uspořádání, které má tato smlouva přinést.
61. Dalším významným prvkem tzv. materiálního jádra Ústavy je podle prezidenta i princip svrchovanosti lidu. Proto je namístě položit si otázku, kdo je zdrojem právní a politické moci v Evropské unii. Lid to podle názoru prezidenta v žádném případě není, protože "evropský lid" neexistuje. Moc se v EU odvozuje od institucí vytvořených na základě mezivládních dohod či smluv. Pokud by Lisabonská smlouva vstoupila v platnost, by bylo možné jejím prostřednictvím "shora", z Evropy, exekutivně prosadit i to, co by žádný národní parlament nikdy neschválil. Byla by tím prohloubena možnost obcházet národní zákonodárné sbory, což by v členských státech včetně České republiky zásadně oslabilo demokracii. Lisabonská smlouva je tedy podle názoru prezidenta v rozporu i s ústavním principem svrchovanosti českého lidu.
62. Dále prezident republiky kritizoval nepřehlednost a mnohoznačnost kompetenčních ustanovení Lisabonské smlouvy. Tato ustanovení budou vykládat a provádět orgány Evropské unie, známé prý tendencí vykládat kompetence Unie v co nejširší možné míře. To je v rozporu s čl. 1 Ústavy, neboť Česká republika je státem i právním, jehož podstatou je, že pravidla jsou dána a známa předem.
63. V další části svého vystoupení prezident kritizoval názor vlády, že Lisabonská smlouva, bude-li přijata, de facto nepřímo novelizuje Ústavu, protože se prý automaticky stane její součástí. Tento přístup považuje prezident za chybný, protože článek 112 Ústavy taxativně vyjmenovává jako součást ústavního pořádku pouze samotnou Ústavu České republiky, Listinu základních práv a svobod a ústavní zákony, a nezmiňuje žádné mezinárodní smlouvy; dokonce nezmiňuje ani smlouvy uvedené v článku 10a Ústavy. Z toho všeho prý plyne, že i když podle článku 10 všechny Parlamentem schválené mezinárodní smlouvy mají přednost před zákony, nedosahují síly zákonů ústavních, čili nevytvářejí Ústavu, a proto nemohou být její součástí.
64. Ze všech uvedených důvodů považuje prezident republiky Lisabonskou smlouvu za nesouladnou s českým ústavním pořádkem.