II.
Průběh řízení před správními orgány a správními soudy
3. Žalobou podanou u Městského soudu v Praze se žalobkyně Vysoká škola báňská - Technická univerzita Ostrava domáhala zrušení rozhodnutí poskytovatele dotace Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ze dne 30. 9. 2013 č. j. MSMT 38871/2013 a ze dne 7. 11. 2013 č. j. MSMT-38871/2013-2, kterými ji coby příjemce dotace vyrozuměl o pozastavení plateb na projekt Centrum excelence IT4Innovations ve výši 23 436 947,44 Kč, neboť podle jeho přesvědčení došlo jednáním popsaným v odůvodnění k porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek spolufinancovaných z rozpočtu Evropské unie.
4. Městský soud v Praze usnesením ze dne 2. 1. 2014 č. j. 9 A 200/2013-42 žalobu odmítl. Ve svém usnesení městský soud odkázal na § 14e odst. 4 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), ve znění pozdějších předpisů, (dále též jen "zákon o rozpočtových pravidlech"), obsahující výslovnou výluku rozhodnutí o pozastavení dotace ze soudního přezkumu. Odkázal rovněž na důvod výluky ze soudního přezkumu dle ustanovení § 68 písm. e) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, podle něhož je žaloba nepřípustná také, stanoví-li tak zvláštní zákon, čemuž výslovně zakotvená výluka v ustanovení § 14e odst. 4 zákona o rozpočtových pravidlech odpovídá. Navíc je tato výluka podle městského soudu "odůvodněna dočasným a předběžným charakterem opatření".
5. Proti tomuto usnesení podala žalobkyně jako stěžovatelka kasační stížnost s tím, že i při formální nemožnosti soudního přezkumu opatření vydaných dle § 14e odst. 1 zákona o rozpočtových pravidlech je nevyhnutelné soudní přezkum otevřít cestou ústavně konformního výkladu ustanovení § 14e odst. 4 zákona o rozpočtových pravidlech, a to k posouzení žalobou tvrzených porušení základních zásad činnosti správních orgánů. Žalobkyně odkázala na čl. 36 odst. 2 Listiny základních práv a svobod (dále též jen "Listina"), dle kterého nesmí být z pravomoci soudu vyloučeno přezkoumávání rozhodnutí týkajících se základních práv a svobod; absence procesní úpravy neproplacení dotace (resp. pozastavení platby) ve výši, v jaké byla poskytnuta, v důsledku libovůle či na základě domněnek význam těchto zásad posiluje. Žalobkyně poukázala na zásah do svých základních práv, neboť nemožnost disponovat dotací v přiznané výši ji přinutila nahradit chybějící prostředky z vlastních zdrojů, přičemž při nejistotě ohledně dalšího postupu může jít fakticky o zásah konečný. Nadto zásah do svých práv spatřuje i v tom, že je jí znemožněno v řádném řízení prokázat, že při realizaci projektu, na nějž byla dotace poskytnuta, své povinnosti ve skutečnosti splnila.
6. Nejvyšší správní soud v řízení o této kasační stížnosti dospěl k názoru, že ustanovení § 14e odst. 4 zákona o rozpočtových pravidlech v části, v níž stanoví, že ze soudního přezkumu jsou vyloučena opatření podle jeho odstavců 1 až 3, jehož je třeba v jeho věci použít, je v rozporu s ústavním pořádkem České republiky, neboť je nelze vyložit bez toho, že by stěžovatelka byla zkrácena ve svém právu na soudní ochranu, jež pro ni plyne z čl. 36 odst. 2 Listiny.