VI. a) Ve vztahu k námitkám proti zákonu jako celku
48. Ústavní soud se na prvním místě zabýval obecnou námitkou navrhovatelů, podle níž vyvolává zásadní pochybnosti již samo zřízení Ústavu jako státní instituce, jejíž činnost je hrazena ze samostatné kapitoly státního rozpočtu, a kde navrhovatelé poukazují na to, že více veřejných institucí hrazených přímo či nepřímo ze státního rozpočtu plní badatelské úkoly v oblasti historie. V existenci Ústavu spatřují nebezpečí postátnění historického bádání ohledně zákonem vymezených úseků dějin a zpochybňují formulace, jimiž se v zákoně tato období vymezují, neboť se jimi dopředu předjímá, jak má být toto období hodnoceno, čímž je fakticky omezována ústavně zaručená svoboda vědeckého bádání.
49. Ústavní soud musí předeslat, že samotné zřízení Ústavu nemá žádný ústavněprávní rozměr. Je totiž legitimním právem státu takovou instituci zřídit, a to přesto, že zde již existují jiné instituce, které se obdobnou problematikou zabývají. Nemůže do svých úvah zahrnout otázku účelnosti instituce zřizované zákonem, kterou argumentují navrhovatelé, protože taková úvaha spadá do oblasti politického rozhodování, a pokud by z takové úvahy vycházel, porušil by princip dělby moci.
50. Ústavněprávní rozměr však má námitka týkající se svobody vědeckého bádání, která je zaručena čl. 15 odst. 2 Listiny. Zákon v ustanovení § 2 vymezuje dvě historická období, která mají být předmětem bádání Ústavu, a sice "dobu nesvobody", kterou je období od 30. září 1938 do 4. května 1945, a "období komunistické totalitní moci", což je úsek československých dějin od 25. února 1948 do 29. prosince 1989, a doba, která tomuto časovému úseku předcházela a v níž slovy zákona "probíhaly děje týkající se příprav k totalitnímu uchopení moci Komunistickou stranou Československa". Podle navrhovatelů toto vymezení již implicitně obsahuje historické hodnocení.
51. Označení určitého historického úseku dějin názvem vždy předpokládá určité zjednodušení, které však v sobě obsahuje i jistou charakteristiku daného období. Zcela běžně se např. hovoří o období Habsburské nadvlády nebo o období husitských válek. Ze samotného označení historických úseků názvy "doba nesvobody" a "období komunistické totalitní moci" nelze bez dalšího dovozovat omezení vědeckého bádání ohledně těchto období, neboť se jimi pouze vymezuje časový úsek dějin, který má být předmětem zkoumání.
52. Navrhovatelé zákonu vytýkají, že používá terminologie, která má význam nejen vědecký, ale také ideologický; konkrétně v preambuli se hovoří o "totalitních a autoritativních režimech 20. století". Vadí jim, že "dobou nesvobody" je označeno celé období let 1938 až 1945, ačkoliv podle nich byl zásadní rozdíl mezi stále samostatnou republikou a pozdějším Protektorátem Čechy a Morava, a že období od 25. února 1948 do 29. prosince 1989 je označeno jako "období komunistické totalitní moci", aniž by se bralo v úvahu, že toto období bylo z hlediska způsobu výkonu státní moci proměnlivé.
53. Zásadním nedostatkem této argumentace navrhovatelů je, že to jsou oni, kteří textu zákona přisuzují smysl, který ve skutečnosti nemá. Uvedená ustanovení nejsou "komplexním hodnocením" v zákoně vymezených historických období, ale jsou jen jejich názvem. Smyslem zákona je vytvořit instituci, která by se teprve měla komplexním hodnocením těchto období zabývat, a to za podmínek, které jsou formulovány v § 4 zákona, kde se výslovně uvádí, že se tak má dít nestranně. Ambicí zákona není, a ani nemůže být, vědecké pojednání o dané době. Jeho účelem je vytvořit státem placenou instituci, která se tímto problémem má zabývat, přičemž důvody pro to jsou vyjádřeny v preambuli zákona především slovy: "Poznání historických pramenů a dalších svědectví o uvedených režimech a událostech k nim vedoucích umožňuje lépe pochopit důsledky systematického ničení tradičních hodnot evropské civilizace, vědomého porušování lidských práv a svobod, morálního a hospodářského úpadku provázeného justičními zločiny a terorem proti nositelům odlišných názorů, nahrazení fungujícího tržního hospodářství direktivním řízením, destrukcí tradičních principů vlastnického práva, zneužívání výchovy, vzdělávání, vědy a kultury k politickým a ideologickým účelům a bezohledného ničení přírody". Že tyto důsledky v uvedených dějinných obdobích nastaly, je objektivně zjištěná skutečnost, která nemá žádný ideologizující nádech.
54. Námitky navrhovatelů, které směřují ke zrušení zákona jako celku, vyjadřují jejich obavu ze zneužití takto nově vznikající instituce k politickému boji. Takové úvahy jsou na jednu stranu legitimní potud, že každé instituce lze zneužít k jiným účelům, než ke kterým byla zřízena. Právě období, která mají být předmětem bádání Ústavu, jsou mimo jiné zaplněna případy takovýchto zneužití. Na druhé straně však možnost takového zneužití závisí na podmínkách, v nichž má fungovat. Pokud jsou jimi fungující demokracie, ke zneužití nemůže dojít. Obavy navrhovatelů v tomto směru jsou ve své podstatě vyjádřením jejich nedůvěry k demokracii, ačkoliv jako poslanci se na její tváři i uplatňování výraznou měrou podílejí. Je tedy na nich, aby případným pokusům o zneužití Ústavu zabránili. Vlastní rozhodnutí o jeho zřízení je však rozhodnutím politickým, které bylo přijato legitimní většinou Parlamentu, přičemž Ústavní soud není jeho třetí komorou, aby do tohoto procesu vstupoval.